一般從蛋白質、基因組DNA和轉錄組RNA三個層面來辨別玉米是普通玉米還是轉基因玉米，還有就是使用轉基因檢測紙條 。

【轉基因玉米如何辨認】抗蟲和抗除草劑是目前轉基因技術應用主要集中的兩個方面 。對于玉米生產者來說，可減少農藥的花費，減輕農民勞動量，對于消費者來說可以用更低的價格吃到玉米 。轉基因技術主要用在生死攸關的大事兒上，“轉”進去的外源基因既不參與玉米外形的發育，也不參與玉米顏色物質的合成，故轉基因玉米從外觀上與非轉基因玉米別無二致，無法簡單地通過視覺予以分辨 。

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